Trzynastoletni Harry Potter (DANIEL RADCLIFFE) niechętnie spędził kolejne lato z Dursley'ami, swoimi gburowatymi krewnymi. Zachowywał się jednak jak należy i nie stosował żadnych magicznych sztuczek. W każdym razie do momentu, kiedy ciotka Marge (PAM FERRIS), apodyktyczna siostra wuja Vernona, wpadła z wizytą. Zawsze była wyjątkowo przykra w stosunku do Harry'ego, ale tym razem posunęła się za daleko, więc "przypadkowo" zamienił ją w gigantyczny balon i sprawił, że odleciała w siną dal!
W obawie przed karą ze strony ciotki i wuja (oraz reperkusji z Hogwartu i Ministerstwa Magii, które kategorycznie zabraniają studentom stosowania magii w zwyczajnym świecie), Harry znika w ciemnościach nocy.
Natychmiast zostaje zabrany przez Błędnego Rycerza, fantastyczny, trzypiętrowy, fioletowy pojazd, który zawozi go do pubu Dziurawy Kocioł. Na miejscu Harry spotyka Ministra Magii, Korneliusza Knota, który wbrew oczekiwaniom nie karze go za magiczne sztuczki, lecz proponuje chłopcu nocleg w pubie, a następnie powrót do Hogwartu, na trzeci rok studiów.
Wkrótce Harry dowiaduje się, że niebezpieczny i tajemniczy czarodziej, Syriusz Black (GARY OLDMAN), uciekł z więzienia w Azkabanie i prawdopodobnie go poszukuje. Legenda mówi, że to Black doprowadził Lorda Voldemorta do rodziców Harry'ego, przyczyniając się tym samym do ich śmierci. Co więcej - czarodziej zamierza zgładzić również Harry'ego.
Na domiar złego, Hogwart udziela gościny Dementorom, przerażającym strażnikom z Azkabanu, którzy przybywają do szkoły, by chronić uczniów przed Blackiem. Dementorzy wysysają dusze swych ofiar i, na nieszczęście Harry'ego, zdają się mieć na niego wpływ większy, niż na pozostałych uczniów. Ich złowieszcza obecność śmiertelnie przeraża młodego czarodzieja, który czuje się całkowicie bezbronny. Na szczęście nowy profesor obrony przed czarną magią uczy Harry'ego zaklęcia Patronus, które chroni chłopca przed paraliżującym wpływem Dementorów.
Poza tym, trzeci rok studiów upływa Harrye'mu na poznawaniu nowych, ekscytujących stworzeń, jak hippogryf Hardodziób, magiczny pół-koń, pół-orzeł, niesamowitych spotkaniach z nauczycielką wróżbiarstwa, profesor Sybillą Trelawney (EMMA THOMPSON) i omenem śmierci "ponurakiem", zapierających dech w piersiach przygodach, jak potajemne wizyty w czarodziejskiej wiosce Hogsmeade, odszyfrowanie tajemnic zaczarowanej mapy huncwotów, czy też przerażającej wycieczce do Wrzeszczącej Chaty (najbardziej nawiedzonego domu w Wielkiej Brytanii).
Równocześnie Harry stara się odgadnąć znaczenie zagadkowego zachowania Hermiony, która pojawia się i znika. Pomagają mu w tym Ron (RUPERT GRINT) i olbrzym Hagrid (ROBBIE COLTRANE), piastujący nowe stanowisko profesora opieki nad magicznymi stworzeniami.
Konfrontacja Harry'ego z groźnym Syriuszem Blackiem wydaje się nieunikniona... ale jaki jest właściwie związek profesora Lupina z tym tajemniczym przestępcą? Jaki mroczny sekret pragnie ujawnić profesor Snape (ALAN RICKMAN)? I dlaczego maskotka Rona, szczur Parszywek, chce od niego uciec?